الإمام زين العابدين حافظ المصريون علي رأسه وأقاموا مسجدا له

ويعد مسجده أهم المزارات لمحبي آل البيت في مصر ويقع مسجد الامام زين العابدين بحي زين العابدين بالقاهرة في منطقة وسطي بين الجامع الطولوني ومصر القديمة. بالقرب من شارع السيدة زينب رضي الله عنها. وبالمشهد يوجد نص تاريخي مكتوب فيه بخط النسخ "بسم الله الرحمن الرحيم هذا مشهد إمام علي زين العابدين ابن إمام حسين ابن إمام علي ابن عمران ابن عبد المطلب في سنة 549".
 ويرجع بناء المسجد إلي أوائل القرن التاسع عشر. فقد جدده وأعاد معظم مبانيه عثمان أغا مستحفظان.أما عمارة الدولة الفاطمية فلم يبق منها سوي عقد واحد يوجد بالطرقة الداخلية علي يمين الداخل إلي رواق القبلة كما توجد لوحة تذكارية مثبتة علي مدخل المسجد القديم بالواجهة الغربية.اما القبة التي تعلو الضريح فترجع إلي العصر المملوكي في القرن الثامن الهجري وفي أواخر القرن الثالث عشر الهجري عملت مقصورة جديدة للضريح تعتبر نموذجا لصناعة الحديد المزخرف بمصر. كتب عليها أنشأ هذه المقصور في سعادة محمد قفطان باشا سنة 1280هجرية كذلك كسا عتب باب القبة ببلاطات من القيشاني الأزرق العثماني الجميل.
وقد جاء في شرح رواية دفن الرأس بمصر في "الجوهر المكنون" أنه بعد قدوم رأسه "أي زيد" إلي مصر طيف به ثم نصب علي المنبر بجامع عمرو في سنة 122هجرية. فسرق ودفن في هذا الموضع. إلي أن ظهر وبني عليه مشهد في الدولة الفاطمية".
يذكر انه عقب أحداث كربلاء واستشهاد الإمام الحسين بن علي بن إبي طالب. جاء علي زين العابدين بن الحسين إلي مصر بصحبة عمته السيدة زينب. لكنه لم يمكث فيها أكثر من عامين ثم خرج إلي المدينة المنورة. وقيل أن الوليد بن عبدالملك بن مروان قد دس السم له. وأنه توفي في عام 95 هجرية. و دفن بجوار عمه الحسن بن علي في البقيع. ولم يدفن في مصر.
تعرض نجله زيد بن علي زين العابدين. إلي القتل أيضًا. علي يد هشام بن عبدالملك بن مروان. بعدما قاد ثورة ضده. ولم يكتف بقتله وإنما أمر أن يطاف برأسه المدن. وذلك في العام  122هجرية. وقد أرسل الرأس إلي مصر بعدما مر بالعراق والشام. وأما الجسد فقد أحرقه يوسف بن عمر الثقفي قائد جيوش هشام بن عبد الملك. وأمر بأن ينصب الرأس علي جامع عمرو بن العاص. إلا أن المصريين انتظروا أيام قليلة وخطفوا رأس زيد بن علي زين العابدين. ودفن الرأس بموقعه الحالي. ويحتفل أبناء الطرق الصوفية بمولده في شهر شعبان من كل عام.
تم تطوير وتوسعة المسجد في عهد الخديوي إسماعيل. والذي أسند إلي محمد باشا القيام بتجديده وتشييد مقصورة حديدية به. في عام 1304 هجرية- 1886 ميلادية. ثم جدده الملك فاروق الأول مرة أخري. مع الحفاظ علي تفاصيله التاريخية. وذلك في عام 1364 هجرية- 1944 ميلادية. وتم تجديد المسجد مرة أخري في القرن الحالي بعد تعرضه لحريق. وأعيد افتتاحه في  2018.